El 9 de julio de 1821, quinto aniversario de la Independencia argentina, penetraban por las calles de Lima las primeras tropas del ejército unido libertador; y el 28 del mismo mes, el general San Martín declaraba solemnemente la independencia del Perú.
El 3 de agosto asumió el mando supremo, con el título de Protector del Perú, habiendo declarado que retendría el poder en sus manos sólo hasta el momento en que el Perú estuviera libre de enemigos.
Luego nombró sus ministros, recayendo la elección en la persona de sus secretarios Garcia del Río y Monteagudo, y en La de un célebre médico y sabio peruano, don Hipólito Unánue.
La ocupación de Lima, y la declaración de la independencia, no eran sino el principio de la lucha. Los españoles eran dueños de las fortalezas del Callao y de una gran parte del Perú, donde contaban con ejército numeroso y aguerrido.