Encontrándose muy enfermo del pecho, pidió permiso para dejar el mando del ejército del norte. Habiéndosele concedido esto, influyó con sus amigos del gobierno para que le dieran el puesto de gobernador intendente de la provincia de Cuyo, provincia que comprendía el territorio de las actuales de Mendoza, San Juan y San Luís.
Por esa época (1814) Chile cayó en manos de los españoles.
Los patriotas chilenos se refugiaron en Mendoza, donde se encontraron con San Martín quien los recibió como á hermanos desgraciados.
Los emigrados chilenos venían profundamente divididos en dos bandos. Los unos reconocían por jefe al general José Miguel Carrera, los otros al general Bernardo O'Higgins. Ambos habían sido jefes supremos de Chile.
Mientras los emigrados chilenos procuraban restaurar á Chile, San Martín organizaba en Mendoza el ejército que en nombre de las Provincias Unidas debía realizar su empresa.
