El Juez especial, D. Rafael Domínguez, comenzó á actuar el día 3 de Diciembre. Su primera disposición fué la de nombrar secretario; recayó el cargo en el cabo español Juan González y García, del regimiento de infantería núm. 74. Unido el testimonio de los documentos y declaraciones que quedan copiados ó extractados, dos días más tarde, ó sea el 5, el Juez procedió á hacer el resumen:
…«resulta (escribe) que el procesado José Rizal Mercado es el organizador principal y alma viva de la insurrección de filipinas, fundador de Sociedades, periódicos [?] y libros dedicados á fomentar y propalar las ideas de rebelión y sedición de los pueblos y jefe principal del filibusterismo del país, según se comprueba por las declaraciones siguientes…»
Y el Juez copia lo dicho por Martín Constantino, Águedo del Rosario, José Reyes, etc., que copiado queda, y á renglón seguido transcribe los documentos consabidos. Y concluye:
«Y considerando el Juez instructor que suscribe ultimado el período de sumario,… tengo el honor de elevar á la respetable autoridad de V. E. la presente causa, para la resolución que proceda.»
¡Rizal, alma viva de la insurrección!… ¡Rizal, el organizador principal de la insurrección!… ¡Rizal, fundador de periódicos!… ¡Rizal, jefe supremo del filibusterismo del país! Cuatro acusaciones comprobadas, según el Juez; y las cuatro de todo punto inexactas, según la lógica y según los hechos que en el curso de este estudio hemos ido, con abundancia de datos fehacientes, consignando.
Blanco, aquel mismo día, decretó que la causa pasara á dictamen del Sr. Auditor general de Guerra. Y la causa fué á dar en manos de D. Nicolás de la Peña. Llevaba este señor poco tiempo en la Colonia, y, por lo mismo, el general Blanco abrigaba la confianza de que el nuevo Auditor no se hallaría aún contaminado del estado de ánimo de que adolecían casi todos los españoles en ella residentes; los cuales, tan pronto como estalló el Katipunan, no pedían justicia, sino sangre, y con preferencia sangre de conspicuos… Aquello fué una embriaguez (causada por el pavor), de la que sólo Blanco y muy contados españoles lograron evadirse. El Sr. Peña, el día 7, después de asentar que procedía elevar á plenario la causa, dijo:
«El procesado continuará en prisión, y el Instructor incoará la correspondiente pieza de embargo en cantidad de un millón de pesos al menos». —Y concluía: —«El mismo Instructor tendrá presente
