Hacía el Adelantado varías y frecuentes jornadas, ya á los países menos seguros, ya á dar asistencia á las conquistas de otros, y ya á la costa del Sur á la fábrica de su armada, en que entendía con todo el conato de su celo. Por cuya ocasión, era de razón que en el Cabildo hubiese persona que, representando á la suya, conturiese los movimientos de discordia, que suelen ofrecerse en los congresos, y que dirigiese las materias políticas y militares que en su ausencia podía ofrecer el tiempo. Y en virtud de Real cédula nombró por su lugarteniente al licenciado D. Francisco de la Cueva, su cuñado y yerno , por ser hermano de Doña Beatriz de la Cueva y marido de Doña Leonor de Alvarado Xicotenga, mujer la una, y la otra hija de D. Pedro de Alvarado; y habiéndolo admitido el Cabildo sin contradicción, y hecho el juramento con las fianzas de residencia, sólo parece haberse disgustado de este nombramiento al veedor Gonzalo Ronquillo; porque en aquel mismo día, 7 de Noviembre de 1539, sin que se disolviese la junta de aquel capítulo, hizo dejación del regimiento en que estaba optando, y le fué admitida, y nombrado en su lugar al capitán Bartolomé Becerra.
No menos atendía el Adelantado á la política y lustre material de la república, empleándose en varías edificaciones de oficinas públicas; como se reconoce ser obra de su arbitrio y cuidado, la primera casa capitular de teja que hubo en la Ciudad vieja, edificada y erigida en 27 de Abril de 1540, que fué de muchos altos, como parece del diseño y y planta que pára en el archivo de Cabildo, y pára ahora en mi poder; y que sin duda fué obra elegante, porque sólo al artífice se dieron seiscientos pesos de oro: y la activa eficacia, solicitud y desvelo para que se formasen molinos, además del suyo, en aquel sitio de Atmulunga, cediendo el egido que tenía á Diego Sánchez. Y ocupado en semejantes empleos, perfeccionó cuanto pudo el aspecto material de la ciudad; pues en ella se había levantado la fábrica de la santa iglesia catedral al cuidado y disposición del venerable sacerdote, cura de esta iglesia entonces, D. Francisco Marro-
