Resistíase á aceptar tan arriesgado cargo, pero habiéndole escrito el Emperador desde Colonia, con fecha 6 de Agosto de 1545, que lo aceptase, hubo de resignarse á ello, contestando en Madrid á 14 de Noviembre del mismo año, por carta de la cual copiamos la siguiente cláusula: — «Conozco mis pocas fuerzas y corta industria, y que ninguna experiencia tengo de las cosas de las Indias; y conforme á esto si me faltase la vida ó salud en el camino, ó medios en los negocios, sería inútil para servir á Dios y á V. M. en ellos, y no se conseguiría el fin de la pacificación de aquella tierra. Mas considerando la determinación con que V. M. me lo manda, me pareció que sin réplica ni excusa le debía obedecer, considerando que con hacer lo que en mi fuese, tratando los negocios con la fe, verdad y limpieza que debo á Dios y á mi Principe, habré cumplido.»
Propuso el Consejo de Estado, que antes de partir para América se le honrara con una de las iglesias más ricas del reino, para que con el esplendor y autoridad de la mitra fuese en aquellas partes más respetado y seguido; pero al llegar á su noticia el acuerdo, respondió: «que la mayor dignidad que había de llevar consigo, era su hábito clerical y su Breviario.» El Emperador se conformó con este parecer, y cuando lo supo La-Gasca, dijo: «S. M. ha puesto los ojos en lo más conveniente para la conciencia de ámbos, porque cuando me honrara con una iglesia, no la pudiera aceptar, sin notorio peligro de mi alma, y nota de mal cristiano, habiendo de tener tan poca cuenta con ella en tan larga y peligrosa jornada, y tan léjos de cualquier obispado de los de España.» En lo cual mostró su gran desinterés y el desprendimiento con que en lo tocante á su medro personal procedió siempre.
Ni lo grave y comprometido del cargo, ni el temor á las penalidades y molestias que tan largo viaje habían de ocasionarle, en su ya madura edad, fueron suficiente causa para hacer flaquear el ánimo de La-Gasca, quien decidido á llevar á cabo cuanto antes su cometido, dióse á la vela para el Nuevo Mundo en el mes de Mayo de 1546, sin llevar en su compañía más que á los Licenciados Rentería y Andrés de Cianca, nombrados Oidores de su