to en varios encuentros parciales y con la división de caballería a sus órdenes, el 17 de setiembre contribuyó eficazmente al triunfo de Pavón, de tanta trascendencia en la vida política argentina.
Se aproximaba entonces la etapa en que Francisco Caraballo iba a escribir los capítulos primordiales de su historia, en un corto período que apenas alcanza a durar diez años y que principió cuando, único jefe compañero del general Venancio Flores, desembarcó junto con éste — y los asistentes Silvestre Farías y Clemente Cáceres — en la playa de Caracoles, Paysandú, ahora departamento de Río Negro, el 19 de abril de 1863, dando comienzo a la revolución que tomó el título de “Cruzada Libertadora”. A contar del 27 de julio del 63 tuvo en el ejército florista título de coronel mayor, que el jefe rebelde le confirió en la costa de Itapeby, Salto.
Hizo toda la guerra hasta febrero de 1865, en que la revolución, auxiliada en los últimos meses por los aliados brasileños, logró desalojar al gobierno blanco de Montevideo. Caraballo tuvo por breve tiempo la suma del poder público, pues recibió de Tomás Villalba la resignación del mando el día 20 y solamente al otro día se lo trasmitió al general Flores.
Ninguna condición militar le había sido negada a Caraballo y halló reiteradas oportunidades de demostrarlo así, en dos años de lucha ardua y abundante en episodios, poniendo de relieve los dos aspectos que lo recomendaban en modo eficaz a la par de simpático: su bondad, respaldada por el hecho evidente de que no pesa sobre su nombre ninguna imputación de sangre o de venganza, y su honradez, certificada por la modestia en que transcurrió su vida.
Nombrado Comandante General de Campaña en marzo del 65, inmediatamente de la victoria de los suyos, se le promovió a coronel mayor (general) el 19 de mayo y a brigadier general el 4 de junio.
Toda la dictadura de Flores permaneció adicto y fiel a su antiguo jefe, cuando otros como el general José Gregorio Suárez, entendían razonablemente que los principios de la revolución estaban desnaturalizados por la negativa del Gobernador Provisorio a restaurar lo más pronto posible el imperio de la constitución, en cuyo nombre la “Cruzada” había triunfado.
La muerte violenta de Flores el 19 de febrero de 1868, despertó en Caraballo, lo mismo que en todos los antiguos jefes caracterizados de la revolución del 63-65, el deseo de sucederlo en el gobierno; y cada cual, creyéndose con títulos suficientes, aspiró de ese modo a merecer los votos de la Asamblea General incumbida de nombrar presidente el 1° de marzo.
A Caraballo no le faltaba cierta base de diputados y senadores, pero estaba distante del quórum legal, y al fin, como fruto de transacción
