yo transcurso ascendió a teniente coronel el 20 de enero de 1837. Separado del servicio el 9 de julio de 1838, fué reincorporado al día siguiente.
En la segunda presidencia de Rivera éste lo eligió para su edecán y por méritos contraídos en la guerra subió a coronel graduado el 3 de enero de 1840, cesando en su cargo de edecán el 16 de este mismo mes.
Coronel en la Guerra Grande, fué designado Jefe de la 1ª División del Ejército de la Capital el 25 de junio de 1847, al suprimirse la Comandancia General de Armas, nombrándose jefe de todas las fuerzas de la defensa de la capital al coronel mayor José Garibaldi. Renunciante éste, se volvió a crear la Comandancia General y se le dió el puesto a Villagrán el 7 de julio de 1847, reteniéndolo hasta el 19 de julio de 1849.
Jefe de caballería, su actividad era comparable a su valor, y Adolfo D'Hastrel, oficial de marina francés, habla de él diciendo que a la cabeza de los más bravos se ha distinguido siempre un hombre de cabellos blancos, el coronel Villagrán, y otro en la fuerza de su juventud, el coronel Tajes.
El 28 de noviembre de 1855 fué designado jefe de las fuerzas de caballería de la capital, pero en seguida de inaugurar su gobierno Gabriel Antonio Pereira, dispuso su case al Estado Mayor Pasivo el 10 de marzo de 1856, siendo jefe de la Fortaleza del Cerro, volviendo a su puesto el 7 de abril del mismo año.
Pocos meses más tarde, en una tentativa de acercamiento político patrocinada por el Ministro Dr. Joaquín Requena, el coronel Villagrán, de filiación colorada, fué hecho Jefe Político de Maldonado en sustitución del coronel Olid, el 12 de diciembre; y el 30 de noviembre de 1857, muy agitada la política, se le confió la jurisdicción y las atribuciones de mando como jefe de los departamentos de Maldonado y Minas. Dividida la campaña en cuatro secciones el 16 de diciembre, se le confió el mando de la 4ª, que comprendía los predichos departamentos.
La revolución conservadora de César Díaz lo encontró en ese puesto, pero Villagrán no tuvo participación alguna en las operaciones.
En marzo de 1858 fué designado edecán del Presidente de la República y llegó a coronel mayor el 25 de agosto de 1859.
Vuelve a aparecer en servicio activo recién en el interinato presidencial de Chucarro, el 4 de junio de 1869, en que se creaba la Comandancia General de Armas del departamento de la Capital, designando para el cargo al general José Villagrán, durante la sublevación caraballista. Pacificada la República cesó la Comandancia y se le agradecieron los servicios prestados a la causa constitucional.
Miembro Presidente del Tribunal Militar Especial el 9 de setiembre de 1870, falleció el 10 de setiembre de 1876, en la capital.