Constituido en autoridad de la zona de Paysandú por designación del jefe revolucionario, mostróse como hombre de resoluciones expeditivas que algunas veces fueron arbitrarias, como fué la prisión y engrillamiento del diputado Basilio Pinilla, a quien hizo sacar del buque argentino donde había buscado refugio.
En unión de Rivera, fué derrotado en la batalla de Carpintería librada el 19 de setiembre de 1836, y después del combate, mientras su general hacía rumbo al noroeste, como para el Brasil, él dirigióse hacia el litoral para luego torcer hacia el sur, vadear el Río Negro y sin que nada hiciera suponerlo, presentarse a indulto el 11 de octubre, con más de cuatrocientos hombres que ya había conseguido reunir en el trayecto.
El general gubernista Ignacio Oribe lo recibió con el ánimo que es de imaginarse, pues su decisión equivalía a una verdadera victoria incruenta y un golpe tan grande para la revolución, que determinó a Rivera a refugiarse en territorio brasileño con los restos de su ejército. De otro modo, el caudillo derrotado se hubiera visto al frente de otro ejército para una segunda batalla de revancha.
La, defección de Raña, dice Andrés Lamas, hirió profundamente al general Rivera. Las personas que lo rodeaban, añade, han expresado la intensidad del dolor que le inspiraba la traición del amigo en quien depositaba una ciega confianza. Antiguos compañeros de armas, como el general Manuel Britos, habían trabajando mucho el ánimo del coronel Raña, llevándolo a dar ese trascendental paso.
En la guerra contra Rosas, José Mª Raña volvió a nuestro país en junio de 1839, pero su calidad era otra totalmente distinta: ahora venía a ser un argentino sirviendo bajo banderas de su nación y a las órdenes del general Pascual Echagüe, su comprovinciano de Entre Ríos. Tenía a su mando una división de más de cuatrocientos conterráneos, en la que venía como segundo el comandante Palavecino.
Derrotado Echagüe en la batalla de Cagancha, el 29 de diciembre, el coronel Raña perdió la vida en la tenaz persecución que siguió a la pelea.
Las circunstancias en que fué muerto han sido controvertidas, habiendo quienes suponen que no le dieron cuartel conforme a órdenes de antemano circuladas, pues el general Rivera “tenía una cuenta que arreglarle”. Se asegura, por otra parte, que una vez prisionero, lo mató la custodia en momentos en que una fuerza entrerriana se empeñaba en rescatar a su coronel, y, por último, se afirma — hipótesis que acepta Dufort y Alvarez —, que lo lanceó en la fuga el comandante Fortunato Silva, como a un enemigo cualquiera, hipótesis que, por ser la más simple, tal vez sea la exacta, como suele suceder tantas veces.
