En el Sexto Congreso realizado en Santiago en Diciembre de 1959, asoman los primeros síntomas de una nueva escisión: un grupo de militantes no esta conforme con la política del Partido adopta una actitud rebelde y recibe el nombre de "inconformista". Este grupo habría de abandonar el Partido con fecha 19 de Abril de 1940 y formaría una nueva colectividad con el nombre de "Partido Socialista de Trabajadores" que luego ingresaría al Partido Comunista. Formaban parte de él los diputados César Godoy, Carlos Muller, Emilio Zapata y Carlos Rosales.
Poco a poco, durante el Gobierno de Aguirre Cerda, fué tomando cuerpo un marcado distanciamiento entre el Partido Socialista y los Comunistas. El Partido Socialista votó favorablemente un proyecto presentado al Congreso por los partidos de derecha, que dejaba al comunismo en situación de ilegalidad, proyecto que posteriormente el Ejecutivo vetó. Hubo sordas rivalidades entre ambos partidos, que muchas afloraron en forma violenta, y que derivaban tanto de las diferencias doctrinarias como de la identidad de campo en que debían realizar su labor proselitista. Un discurso del Ministro socialista Oscar Schnake, que criticó fuertemente al Partido Comunista y a la política soviética, al regresar de la Conferencia de la Habana, no hizo sino agravar la situación. Este distanciamiento llegó al maxímun al producirse en Europa el pacto Ruso—Alemán en 1941, que los Comunistas defendían ardorosamente.
Comunistas y Socialistas terminaron por romper abiertamente. El Partido Socialista, ante esta situación, decidió afrontar solo las elecciones parlamentarias de 1941, con lo cual el Frente Popular quedó prácticamente terminado.
En el Congreso elegido en 1941, el Partido Socialista, no obstante su aislamiento, obtuvo un resultado nada despreciable. En efecto, en la Cámara de Diputados eligió 15 diputados; y en el Senado enteró la cantidad de 5 Senadores.
Mientras tanto, se había realizado en Curicó un Congreso Extraordinario en Marzo de 1940 que formuló la Declaración de Principios del Partido, ratificando anteriores y conocidos conceptos. Y se había realizado también el Septimo Congreso Ordinario, que ratificó el apoyo del Partido al Gobierno del señor Aguirre Cerda.
Al fallecer el Presidente de la República don Pedro Aguirre Cerda, el Partido Socialista, por acuerdo del Octavo Congreso Ordinario reali
