Cabildo el Ilmo. Señor Marroquin, á tratar de la conclusión del edificio de la Iglesia, se libró lo necesario en tributos de los pueblos de la ciudad. Y el de 26 de Enero de 1545, se determinó se den al Señor Obispo 1600 pesos de oro, por los descombros de su palacio de la Ciudad Vieja, para emplearlos en la obra de la Iglesia.
La fabrica de esta basílica se hizo de mampostería, y su techumbre artesonada: hecha con la mayor solidez, esmero y primor, que las circunstancias de aquellos tiempos permitieron. Sus tamaños y disposición, los mismos que la Catedral que se estrenó el año de 1680, como veremos en el capitulo siguiente. Tenia dos órdenes de capillas: y en Cabildo de 20 de Abril de 1545, el Señor Obispo y Capitulares dijeron: «que por cuanto el primer Dean Don Juan Godinez compró la capilla de Nuestra Señora, que está á mano derecha de esta Santa Iglesia, y por ella dio 400 pesos, los cuales se han gastado en esta dicha Santa Iglesia, y porque conste a nuestros sucesores, se asentó en este libro de Cabildo; y la misma Capilla tenia en la Ciudad Vieja, que está edificada en esta Ciudad nueva, para que se traiga é se traslade aqui el cuerpo del dicho Señor Dean; asi por haberla comprado, como por haber instituido é constituido cuatro capellanías, con que esta Santa Iglesia se sirve é honra: é hanse de enterrar en ella sus patroneros.» Consta igualmente por los libros de Cabildos de esta Santa Iglesia, Cabildo de 15 de Abril de 1562, que se dio otra capilla y entierro á Francisco del Valle Marroquin, Regidor de esta Ciudad, en remuneración de los servicios que había hecho á esta Santa Iglesia, con varias circunstancias y obligaciones, por parte suya y del Cabildo. Asi mismo se vé por un Cabildo del año de 1563, (folio 64 del libro 1º de Cab. de la Iglesia) que se vendió en 1000 tostones á Pedro de Salazar una capilla para su entierro.
Por una de las cláusulas del testamento del Adelantado Don Pedro de Alvarado, se manda hacer una Capilla en la Iglesia mayor, con la advocación de San Pedro: que en dicha capilla se digan las misas de dos capellanías, que manda fundar en otra cláusula, y que uno de los dos capellanes cuide de la capilla. Esta disposición
