La tercera parroquia, se erigió en la ermita de Ntra. Señora de los Remedios, que es la Iglesia mas antigua que tuvo esta capital, despues de la de Santiago; pues en el Cabildo de 22 de Noviembre de 1527, en que se asentó la Ciudad en el lugar de Tzacualpa, se manda señalar sitio para un adoratorio, que se debia intitular Nuestra Señora de los Remedios: lo que se ejecutó en Cabildo de 20 de Julio de 1530. Esta capilla se trasladó á la Antigua Guatemala y el año de 1575 la reedificó Baltazar Esteves, cubierta de teja, que antes era de paja. El Rey nuestro Señor encargó el fomento de la citada ermita, al Presidente de esta Real Audiencia, en cédula de 20 de Julio de 1587; y en otra de 29 de Mayo de 1594, ordena se procure erigir en parroquia. El Señor Obispo Don Fr. Gomez Fernandez de Córdova, hizo algunos reparos en su fábrica y le profesaba tal devocion, que solía vivir en este Santuario, y en él le asaltó la última enfermedad, el año de 1598. El Señor Don Fr. Juan Zapata, por los años de 1625, puso la espresada Iglesia a cuidado de los Religiosos Agustinos, trasladando á este sitio su Convento; pero Su Magestad no vino en aprobarlo, porque su real voluntad era se hiciese parroquia. Lo que por último ejecutó el Señor Doctor Don Agustín de Ugarte y Saravia, Obispo de Guatemala, por el mes de Mayo de 1641, llevando en procesion, á que asistieron la Real Audiencia, ambos Cabildos, el Clero y Religiones, al Santísimo Sacramento desde la Catedral á la nueva parroquia. Ésta se
San Sebastian. Igualmente consta por los libros de Cabildos, que todos los años, desde el de 1576, se nombraban dos Capitulares Comisarios, para que entendiesen en el adorno de la ermita y en lo demás necesario para la fiesta de San Sebastian. Por el Cabildo de 3 de Febrero de 1593, se vé que no solo asistia la Ciudad á la misa y sermon de la citada fiesta, sino que tambien iba en procesion á las vísperas; y el I. S. D. F. Gomez Fernandez de Córdova, atendiendo á que de ir tan lejos, á hora tan incómoda, se enfermarían y no podrían asistir a la misa, les conmutó el voto, por lo tocante á las vísperas, en una limosna de 50 pesos de oro de minas.
