La tentativa de reforma del clero, hecha en el siglo XV, había fracasado. La Pragmática Sanción de 1438, destinada a hacer la Iglesia galicana independiente del Papa, no fue aplicada mucho tiempo. Luis XI la derogó para obtener la alianza papal en Italia. Durante medio siglo, la Iglesia de Francia permaneció en confusión, no sabiéndose ya quién tenía que nombrar a los obispos y abades.

La oposición entre el Papa y el clero de Francia recaía sobre dos puntos: 1º, conservaba éste los decretos del Concilio de Basilea, que declaraba el Concilio superior al Papa; 2º, no quería ya pagar las annatas (rentas de un año que había de satisfacerse al Papa por cada nuevo titular).

Francisco I, después de una victoria en Italia, fue a avistarse con el Pontífice León X en Bolonia y se pusieron de acuerdo, haciendo juntos el Concordato de 1516. El rey compartió los poderes con el Papa, pero se quedó con los más importantes: tuvo el derecho de nombrar todos los obispos, los canónigos y la mayor parte de los abades, comprometiéndose el Papa a revestir a los que el rey nombrase. Los obispos debían tener, al menos, veintisiete años y veintitrés los abades, a excepción de las "personas sublimes", es decir, de alta alcurnia. El Papa conservó el derecho de apelación en las causas canónicas importantes. No se mencionaron las annatas en el Concordato, pero se sobreentendió que el rey las dejaría restablecer. Así quedó suprimida en Francia la elección de los obispos y los abades, que era desde un principio regla de la Iglesia.

El rey se vió dueño de todas las altas dignidades de la Iglesia, a las cuales estaban afectos grandes dominios, 10 arzobispados, 82 obispados, 327 abadías y un número enorme de canonjías y prioratos.

Francisco I había prometido nombrar a licenciados en derecho canónico de las Universidades y a "personas convenientes". De hecho el rey no nombraba casi más que a nobles o a los parientes de sus favoritos, muchas veces jóvenes. Por medio de las dispensas, la misma persona podía acumular varios obispados o abadías. Se le dispensaba la residencia en ellos y vivía, por lo común, en la Corte, donde consumía las rentas de sus beneficios.

El rey hizo de la mayor parte de las abadías encomiendas, dándolas a un seglar, que percibía las rentas y se hacía sustituir por un prior. Francisco I dio abadías a oficiales o a pintores, manera de pagar que no le costaba nada. En tiempo de Enrique II, el señor de Bourdeille obtuvo la abadía de Brantôme, porque su hermano había muerto guerreando en un asalto al servicio del rey, y se dio a conocer como escritor con el nombre de Brantôme.

Los obispos y los abades no se ocupaban casi de los fieles. La "carga de almas", es decir, el cuidado de decir misa, de predicar, de administrar los sacramentos, se dejaba al clero bajo, a los curas, los vicarios, los monjes mendicantes, que vivían pobremente de una pequeña parte de los beneficios. Aquellos eclesiásticos pobres habían hecho frecuentemente estudios en las Universidades, no querían a los prelados y muchos seguían pidiendo la reforma de la Iglesia.